近些年来，由于生物技术的发展，生物遗传资源所带来的巨大利益被美国、欧洲、日本等一些生物技术发达的国家所重视。他们加紧了对其他国家生物遗传资源的掠夺，特别是那些生物资源丰富、传统文化深厚，但科技水平较低，特别是生物技术知识产权不完善的发展中国家。
由于我国有丰富的生物遗传资源，所以成为发达国家掠夺生物资源的主要地区之一。据估计，最近10年中我国输出的生物遗传资源不仅在数量上要远远高于前20年的总和，而且大都是优良基因。比如，世界上90%的野生大豆资源分布在中国，但很多原产于中国的野生大豆资源被美国公司窃取，成为其专利产品，回到中国抢占市场。近年来，一些外国机构在中国掠取人类基因资源的现象正在蔓延。它们利用中国现行法规的不完善和管理上的漏洞，为商业目的在中国开展样品收集活动，以及在老百姓毫不知情的情况下抽取血样进行研究等等。
生物遗传资源作为一种新型的资源，人们对它的认识还不是非常清晰和明确，这种情况下对它的保护也就比较困难。但是，生物遗传资源所具有的共享性和非排他性却是公认的。从其性质与对社会的效率来说，生物遗传资源应该属于公共资源，不能被任何人私有，实际上一个动植物品种或者一个人类种群所携带的生物遗传信息不是也不可能是任何个人的私有财产。
在确定了生物遗传资源为公共性资源之后，就会产生一个问题，生物遗传资源既然属于公共性资源，那么其所产生的利益究竟归属于谁，是整个人类社会还是国家或者某个群体。从权利主体的角度上说，国家是生物遗传资源最好的享有者。但是在这种情况下可能出现的利益失衡现象非常值得关注。从经济学的角度而言，权利的配置必然涉及到利益关系的改变，总会有一些人的利益要受损，因为没有人受损，就不可能有人受益；或者，现在不受损，将来就不会受益。特别是在公共性资源的利用过程中，往往受益者与受损者是不同的人，一个国家的所有人可以因为生物遗传资源的保护而受益，受损的人却是生物遗传资源所在地区的群众，那么必然导致付出代价的地区为了寻求利益最大化而破坏生物遗传资源，最终导致整个社会的利益受损。
建立国家生物遗传资源利益补偿机制，使受益共享、受损分担，这样才能真正调动起生物遗传资源所在地区的积极性。所谓生物遗传资源利益补偿机制，就是由生物遗传资源的全体受益者给保护生物遗传资源地区一定的利益补偿，调动该地区保护生物遗传资源积极性的制度。
生物遗传资源的国家补偿应该坚持一定的原则，首先是适度原则。生物遗传资源的国家补偿不同于国家赔偿，赔偿是针对被赔偿者的全部损失，而补偿只是根据情况支付适度的补偿。而且，保护生物遗传资源所受到的损失也很难精确地计算，如果要求绝对地补偿所受到的所有损失，必然难以做到或者会大大增加国家的负担。
其次是法制化原则。生物遗传资源的国家补偿一定要克服人为因素，避免一阵风现象，在国家补偿的程序、对象、方式、渠道等方面都应该有法可依。只有使生物遗传资源的国家补偿有法可依才能使这项制度不致于受到某些人的破坏，也不致于被一些人所利用，造成新的利益失衡。
第三是对应原则。所谓对应原则有两个方面，一方面是地区的对应，另一方面是数额的对应。地区的对应就是国家补偿一定要针对具体的生物遗传资源所在地的地区，不能范围过大也不能过小。数额的对应也是非常重要的，前面说过国家补偿是适度补偿，但适度补偿也并非没有依据，应该对应生物遗传资源所在地区在保护生物遗传资源的过程中所受到的损失进行补偿，损失大的多补，损失小的少补。
生物遗传资源的国家补偿可以采取多种方式。首先是货币方式，这是一种最为简单易行的方式，国家可以在其财政收入中专门拨款用于生物遗传资源保护的补偿。其次是技术补偿方式，技术补偿就是在技术方面生物遗传资源所在地区获得其他地区或者国外的支持和帮助。在国际公约和我国的相关法律中都已经有了类似的规定。对生物遗传资源进行开发的机构有条件的要将研究室设在生物遗传资源所在地区，并且要积极培养生物遗传资源所在地的研究人员。第三是知识产权方式，对于利用该地区生物遗传资源开发出来的拥有知识产权的成果，该地区有权分享。当然某一地区在法律上很难成为知识产权的主体，但是可以规定合理分享制度，比如在符合一定条件的情况下该地区可以免费使用该成果。
生物遗传资源的补偿渠道可以是多层次的，一方面可以由国家从国家收入中以财政拨款的方式直接补偿。另一方面，国家还可以用其他方式进行补偿。比如，可以在立法中规定，对生物遗传资源进行开发的商业生物公司，必须支付一定数额的补偿款给生物遗传资源所在地区；也可以优先考虑将生物遗传资源研究开发机构设在生物遗传资源所在地区，帮助该地区科研能力的提高。
我国是一个生物遗传资源的宝库，如果我们能够调动起各地方保护生物遗传资源的积极性，给予一定的利益补偿，必将有利于保护好我国珍贵的生物遗传资源。
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